Con el siguiente ejemplo se consigue este efecto de forma sencilla. Probado en Chrome, Safari y Firefox.
Espero pueda ser útil.
<html> <head> <title>My Application</title> <script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.10.2/jquery.min.js"> </script> <script type="text/javascript"> (function () { var titleOriginal = document.title; var intervalBlinkTitle = 0; // Inicia el parpadeo del título la página window.startFlashTitle = function (newTitle) { if(intervalBlinkTitle == 0){ document.title = (document.title == titleOriginal) ? newTitle : titleOriginal; intervalBlinkTitle = setInterval(function (){ document.title = (document.title == titleOriginal) ? newTitle : titleOriginal; }, 1000); } }; // Para el parpadeo del título de la página // Restablece el título window.stopFlashTitle = function () { clearInterval(intervalBlinkTitle); intervalBlinkTitle = 0; document.title = titleOriginal; }; }()); </script> </head> <body> <button onclick="startFlashTitle('Hi, Joe !!!');"> Start </button> <button onclick="stopFlashTitle();"> Stop </button> </body> </html>